［本站讯］近日，软件学院吴昊副教授团队在多物种启动子预测研究方面取得新进展，相关成果以“iPro-WAEL: a comprehensive and robust framework for identifying promoters in multiple species”为题发表在国际顶尖学术期刊Nucleic Acids Research(中科院1区,Top期刊,IF = 19.16)，吴昊副教授为论文唯一通讯作者，山东大学为第一单位。

启动子调控转录的起始过程，并对不同物种的基因表达起重要作用。在原核生物中，启动子参与许多生物过程，例如大多数基因的转录、热休克反应、固氮、鞭毛的表达等。在真核生物中，启动子区域或下游启动子元件控制着转录开始的确切位置。此外，启动子通过三维染色质结构与它们的远端调控元件合作，从而影响生长发育、肿瘤发生和时空基因表达等。因此，启动子的精确鉴定对于研究基因表达和疾病发生及治疗具有重要意义。

由于启动子结构及其结合复杂性在不同物种中有所不同，因此，当前大多数启动子预测方法无法在多个物种上同时保持优秀的性能。本研究通过基于加权平均集成的方法，整合多种传统序列特征和先进的自然语言处理技术，从而提出新的预测模型，在无需重调参数的前提下能够准确预测多个物种的启动子。此外，本研究首次以更严谨的标准提出一种新的数据集生成和处理方法，该方法有望在未来广泛应用于序列数据的生成和处理上。本研究首次从计算角度识别到影响启动子形成的TFBS基序，其中一些基序验证了先前的相关发现，另一些潜在的基序为生物学家研究基因表达以及疾病发生机理和治疗提供新的借鉴和参考。同时，该研究结果为生物学家探索不同生物的基因表达，挖掘基因和疾病间的关系以及促进疾病发生机理研究及疾病诊断和治疗提供新的研究思路。

吴昊副教授团队长期致力于复杂疾病通路、三维基因组结构及相关调控元件预测和单细胞多组学数据集成及下游分析等相关研究，近期系列研究成果发表于Nucleic Acids Research(2022) (中科院1区,Top期刊,IF=19.16),Briefings in Bioinformatics(2022) (中科院1区,Top期刊,IF=13.99),Bioinformatics(2022) (中科院1区,Top期刊,IF=6.93)等学术期刊，相关研究得到国家自然科学基金，国家重点研发计划等项目资助。

论文链接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac824/6717829